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上海中醫(yī)藥博物館前身為1938年7月建立的中國(guó)第一所醫(yī)學(xué)史專業(yè)博物館——中華醫(yī)學(xué)會(huì)醫(yī)史博物館。中醫(yī)藥博物館新館位于上海中醫(yī)藥大學(xué)校內(nèi)，于2004年12月建成開放。
上海中醫(yī)藥博物館和“百草園·杏林苑”占地面積約11500平方米。博物館主體建筑面積6314.12平方米，為3層單體建筑物，呈半圓半方造型，寓意為“天圓地方”。館中設(shè)醫(yī)史綜合館、校史陳列館、中藥標(biāo)本陳列館三個(gè)綜合館和養(yǎng)生康復(fù)、針灸推拿、中醫(yī)文化、中藥方劑和中醫(yī)科教等五個(gè)專題館，把歷史、現(xiàn)代和未來有機(jī)結(jié)合起來，多角度、多層面、全方位展示中醫(yī)藥的發(fā)展歷程與文明成果。館藏石器時(shí)代至近現(xiàn)代的中醫(yī)藥文物15000余件，收藏中藥和中成藥產(chǎn)品3000余件，陳列校史圖片、實(shí)物700余件，是全國(guó)規(guī)模最大的中醫(yī)史專業(yè)博物館。
博物館內(nèi)青銅地雕“千年回響”，兩側(cè)六塊石雕，展示著中醫(yī)藥發(fā)展史的每個(gè)典型片段，中央的立體雕塑“陰陽(yáng)五行”貫通著上下五千年。正面的壁照書寫著“精、氣、神”，是中醫(yī)文化的精髓體現(xiàn)。寬敞的展廳，高低錯(cuò)落的展品，雅俗對(duì)話的展具選材，穩(wěn)健而協(xié)調(diào)的色調(diào)搭配，明暗襯托的用光，加之“唐太醫(yī)署”和“宋趙太丞家”兩處場(chǎng)景的布設(shè)，使得展覽的藝術(shù)效果更加與中醫(yī)文化的豐富內(nèi)涵相一致，與陳展內(nèi)容的發(fā)展脈絡(luò)相同步，步步將觀眾引向深入。館內(nèi)還有針灸智能人、按摩點(diǎn)穴智能人、中藥制藥過程動(dòng)漫互動(dòng)展示、脈象儀、針灸銅人互動(dòng)展示、辨證論治觸摸屏、中藥制藥過程動(dòng)漫互動(dòng)展示、中藥標(biāo)本趣味習(xí)作展示等展品、展項(xiàng)。建成“多語(yǔ)種（漢、英、日、韓語(yǔ)）講解導(dǎo)覽系統(tǒng)”、“多媒體動(dòng)態(tài)展示（海洋藥用資源、處方賞析、針灸沿革和名貴中藥材真?zhèn)舞b別）系統(tǒng)”。
博物館成立以來，迎來了一批批中外參觀者，有國(guó)家元首、政府要員、專家學(xué)者、教師學(xué)生等，產(chǎn)生了巨大的社會(huì)影響力和文化輻射作用。著名的英國(guó)科學(xué)家、中國(guó)科技史專家李約瑟博士曾3次前來參觀，并用中文題詞“百聞不如一見”；2007年5月6日，在時(shí)任上海市委書記的習(xí)近平、市委副書記殷一璀的陪同下，國(guó)務(wù)委員陳至立以及文化部副部長(zhǎng)周和平進(jìn)行了專程參觀。2010年，作為上海世博會(huì)中醫(yī)藥體驗(yàn)站點(diǎn)，博物館接待了多批來上海參觀世博會(huì)的中外旅行團(tuán)隊(duì)。其中，世博會(huì)國(guó)際參展方代表120余人專程來館參觀，并給予高度評(píng)價(jià)。
上海中醫(yī)藥博物館是博大精深的中醫(yī)藥學(xué)和中醫(yī)藥文化的縮影，是中國(guó)醫(yī)學(xué)史活生生的教學(xué)課堂，是開展大學(xué)生文化素質(zhì)教育的重要基地，是傳承弘揚(yáng)優(yōu)秀中華傳統(tǒng)文化的第二課堂，具有強(qiáng)大的育人功能。目前，博物館已成為全國(guó)、上海市、浦東新區(qū)科普教育基地、全國(guó)中醫(yī)藥文化宣傳教育基地、上海市科普旅游示范基地（AAA級(jí)景區(qū)）、浦東新區(qū)愛國(guó)主義教育基地、上海市第二批“二期課程改革”科普教育基地、上海市科普教育基地拓展課程教學(xué)實(shí)踐基地。博物館以中醫(yī)藥特色為內(nèi)涵，制定了《中小學(xué)生走近中醫(yī)藥活動(dòng)方案》，對(duì)青少年開展科普教育，不僅接受學(xué)生來館活動(dòng)，還主動(dòng)走進(jìn)中小學(xué)校，進(jìn)行科普講座、開展科普活動(dòng)，讓青少年感受中醫(yī)藥的神奇魅力。博物館積極配合上海市教衛(wèi)黨委制作“紅色一課”，拍攝“濟(jì)世仁術(shù)話中醫(yī)”，讓中小學(xué)生了解中醫(yī)藥文化，激發(fā)他們對(duì)優(yōu)秀中華傳統(tǒng)文化的興趣。
上海中醫(yī)藥博物館以服務(wù)百姓生活，傳播中醫(yī)藥文化健康理念為己任，精心設(shè)計(jì)《“中醫(yī)藥與科學(xué)養(yǎng)生”活動(dòng)實(shí)施方案》，主動(dòng)到社區(qū)開展中醫(yī)藥科普活動(dòng)，為百姓樹立科學(xué)養(yǎng)生理念和提供簡(jiǎn)便有效、可具操作的養(yǎng)生方法。如“中草藥進(jìn)家庭”，指導(dǎo)居民在家中種養(yǎng)有保健功能的植物，這一創(chuàng)意在上海張江社區(qū)和北京東城區(qū)得到了實(shí)施。?
在各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)懷下，上海中醫(yī)藥博物館的軟硬件建設(shè)取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步，扎實(shí)而富有特色的育人和社會(huì)服務(wù)工作收獲了良好的社會(huì)評(píng)價(jià)。近年來，博物館先后獲得優(yōu)秀全國(guó)科普教育基地、全國(guó)高校博物館育人聯(lián)盟優(yōu)秀育人項(xiàng)目、上海市科普基地先進(jìn)集體、上?？破战逃齽?chuàng)新獎(jiǎng)、上海國(guó)際青少年科技博覽會(huì)貢獻(xiàn)獎(jiǎng)、上?？萍脊?jié)貢獻(xiàn)獎(jiǎng)、上?？萍脊?jié)先進(jìn)集體、浦東新區(qū)“萬(wàn)名大學(xué)生看浦東”特別貢獻(xiàn)獎(jiǎng)等榮譽(yù)。